Η οικοδόμηση του Παρθενώνα αρχίζει το 447 π.Χ. και τελειώνει το 438 π.X. Το 432 π.X. ολοκληρώνεται η διακόσμησή του με γλυπτά.

Από την σφοδρότατη δόνηση του σεισμού το 426 π.X. που από τον Θουκυδίδη θεωρείται ως ένας από τους δυνατότερους σεισμούς της αρχαιότητας, προκαλούνται σημαντικές βλάβες, μετατοπίζονται επίσης κατά 2 εκατοστά ένα μεγάλο μέρος των δύο προσόψεων του μνημείου.

Μεγάλες μεταβολές την περίοδο αυτή δεν έγιναν στον ναό εκτός από μερικές επιφανειακές προσθήκες στην ανατολική πρόσοψή του. Ο Μ. Αλέξανδρος αναρτά στο ανατολικό επιστύλιο μερικές ασπίδες από τα λάφυρα της μάχης του Γρανικού ποταμού το 334 π.Χ. με τους Πέρσες.

Το διάταγμα της ανεξηθρησκείας, η αναγνώριση του Χριστιανισμού ως επίσημης θρησκείας, τα διατάγματα του Θεοδοσίου Α΄ και Β’ καταργούν σταδιακά την αρχαία λειτουργία του (5ος αι. μ.X). Επί Ιουστινιανού ο ναός θα στεγάσει τη χριστιανική λατρεία. Επεμβάσεις μικρής κλίμακας πραγματοποιούνται: προστίθεται αψίδα, ανοίγονται πλευρικές είσοδοι, διαμορφώνεται κλιμακοστάσιο στη ΝΔ γωνία του σηκού. Η μετατροπή του μνημείου σε χριστιανικό ναό έχει κυρίως αρνητικές συνέπειες, ο γλυπτός διάκοσμος των μετοπών των δύο προσόψεων και της βόρειας πλευράς υφίστανται εκτεταμένη απολάξευση, το ίδιο συμβαίνει και στα μεσαία και μεγαλύτερα εναέτια αγάλματα του ανατολικού αετώματος τα οποία καθαιρούνται. Στη ζωφόρο ανοίχθηκαν παράθυρα που κατέστρεψαν αρκετά από τα γλυπτά της. Ο χριστιανικός Παρθενώνας αφιερώνεται αρχικά στην Αγία Σοφία και μετέπειτα στην Παναγία Θεομήτoρα. Για αρκετούς αιώνες το κοινότερο όνομά του ήταν «Παναγία η Αθηνιώτισσα».

Η Ακρόπολη την περίοδο αυτή περνά στα χέρια των Φράγκων της 4ης σταυροφορίας και χρησιμεύει ως καθολική μητρόπολή τους. Αργότερα και με την συγκατάθεση του Πάπα γίνεται Αρχιεπισκοπική κάθεδρα της Θεομήτορος.

Το 1456 οι Τούρκοι πολιορκούν την Αθήνα και εκδιώκουν τους Φράγκους. Το 1458 ο Μεχμέτ B’ ο Πορθητής (ο ίδιος άλωσε και την Κωνσταντινούπολη) επισκέπτεται την Αθήνα και θαυμάζει τα μνημεία της. Επιστρέφοντας από την Πελοπόννησο περνά και πάλι από την Αθήνα και τότε, ή λίγο αργότερα, ο Παρθενώνας μετατρέπεται σε τζαμί.

Την Αθήνα διεκδικούν οι Τούρκοι και οι Ενετοί. Στο εσωτερικό του ναού οι Τούρκοι είχαν αποθηκεύσει τεράστιες ποσότητες πυρίτιδας. Ο Φρανσέσκο Μοροζίνι, αρχηγός των Ενετών, το βράδυ της 26ης Σεπτεμβρίου βομβαρδίζει τον Παρθενώνα και ένα από τα βλήματα διαπερνά τη στέγη προκαλώντας την ανάφλεξη της πυρίτιδας και την ανατίναξη του μεσαίου μέρους του ναού.

Ο λόρδος Έλγιν με συνεργεία εργατών αποσπά βίαια απ’ το μνημείο 56 λίθους από τη ζωφόρο, 15 πλάκες από τις μετόπες και 19 από τα 28 αγάλματα των αετωμάτων. Αφαιρεί επίσης και αρχιτεκτονικά μέλη από τον Παρθενώνα. Από τα Προπύλαια, το Ερέχθειο και το ναό της Αθηνάς Νίκης αφαιρεί αρχιτεκτονικά μέλη και γλυπτά. Από το Ερέχθειο ειδικότερα αφαιρεί μία από τις Καρυάτιδες. Η επώδυνη για το μνημείο διαδικασία της βάναυσης κακομεταχείρισής του σταματά το 1804, ύστερα από εντολή της Υψηλής Πύλης από την Κωνσταντινούπολη.

Το 1826 οι Τούρκοι του Κιουταχή πολιορκούν στην Ακρόπολη τους Έλληνες οι οποίοι ύστερα από ηρωική άμυνα παραδίδονται τον Μάρτιο του 1827. Λίγα χρόνια μετά την απελευθέρωση από τον τούρκικο ζυγό, το 1833, το μνημείο αποκτά την ελευθερία του.